Jožica Puhar je bila v prvi slovenski vladi, ki jo je vodil Lojze Peterle, imenovana za predsednico republiškega komiteja za delo, leta 1992 pa je bila v drugi vladi, ki jo je vodil Janez Drnovšek, imenovana za ministrico za delo. V tretji, prav tako Drnovškovi vladi, je bila ministrica za delo, družino in socialne zadeve.
Na položaju je bila do julija 1994. V slovenski prostor je uvedla aktivno politiko zaposlovanja, bila je začetnica socialnega partnerstva oziroma socialnega sporazumevanja v Sloveniji.
Od leta 1994 do septembra 1999 je bila slovenska veleposlanica v Makedoniji, dve leti je pokrivala tudi Albanijo. Med letoma 1999 in 2002 je bila veleposlanica na ministrstvu za zunanje zadeve, kot državna podsekretarka namestnica nacionalnega koordinatorja Pakta stabilnosti za jugovzhodno Evropo, pozneje je bila nacionalna koordinatorka te mednarodne pobude in koordinatorka delovanja Slovenije v SECI - pobuda za sodelovanje v jugovzhodni Evropi.
Od leta 2002 do leta 2006 je bila veleposlanica v Grčiji, od koder je pokrivala še Ciper, Armenijo in Gruzijo. Puharjeva, članica stranke SD, se je leta 2006 upokojila, po upokojitvi pa je bila med drugim aktivna v Zvezi društev upokojencev Slovenije in v več forumih starejših.